臺灣地處熱帶及亞熱帶間,氣候溫暖,雨量充沛,且高山林立,海拔落差大,蘊育了豐富的動植物資源;同時受地理長期區隔之影響,特有種類比例相當高。但近50年來,台灣由於人口急劇增加、經濟快速發展及自然資源不當開發利用等,導致生態環境嚴重破壞,也造成許多物種面臨滅絕或已經滅絕。前臺灣省政府主席邱創煥先生有鑑於臺灣生態環境的破壞日益嚴重,為保存臺灣特有動植物之物種與遺傳基因,維持生態系的長期穩定平衡,於1990年1月指示農林廳籌設特有生物研究保育中心。
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